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CRISPR設計工具的用途

CRISPR設計工具是一種網絡工具，旨在通過以下方式簡化CRISPR指南在輸入DNA序列中的選擇過程：（i）發現全基因組可能的非靶標，（ii）突出顯示具有高靶特異性的指南，以及（iii）目標基因組中的許多或基因外源目標。

使用CRISPR設計

要使用CRISPR設計位點工具，只需：

1. 前往crispr.mit.edu的提交頁面
2. 進入DNA序列
3. 選擇一個目標基因組，

將掃描序列以尋找可能的CRISPR指南（20個核苷酸，然后是PAM序列：NGG），并在整個選擇的基因組中掃描可能的目標匹配。作業輸出將顯示在作業輸出頁面上，每個指南鏈接到一個非目標列表，并按照從零到100％的分數順序呈現，粗略地表示每個指南的忠實的目標活動。

解釋分數

CRISPR設計工具輸出頁面：

呈現查詢序列中所有可能的指南的排名列表，按照100％減去目標基因組中的目標活動的信仰度排序，減去目標基因組中的目標命中分數的加權和。

顯示每個指南的頂級匹配的目標命中分數，并且通過考慮錯配總數，絕對位置不匹配來計算 - 以適應接近PAM站點的相對較高的不匹配干擾，以及不匹配之間的平均配對距離 - 解釋中斷鄰近錯配對破壞指導-DNA相互作用的空間影響。

單擊的分數

用于評分單個目標的實際算法是：

在第一學期內，e運行在導向和非目標之間的不匹配位置，M：

代表實驗確定的不匹配位置對靶向的影響。（Hsu等，Nature Biotechnology 2013）

而且，術語二和三分別表示錯配（d）的平均配對距離和高度不匹配目標的阻尼懲罰的影響。

指南匯總分數

一旦個人點擊得分，每個指南都會得到一個分數：

并且根據指導質量的廣泛分類進行著色，考慮到高分離目標中存在或不存在標記基因，表明在查詢區域中使用特定指導用于特定目標的相對（不）有利度。

指南選擇

聚合得分大于50％的指南是綠色的，并且如果沒有得分偏高的目標落在標記的基因區域中（如右表所示），則應該被視為候選靶向序列。如果沒有合適的綠色指南清除高分，極端目標，那么指定黃色的指南應視為具體目標的備份。紅色指南在目標基因組中有很多可能的目標相互作用，應該避免。