基于機器學習翻譯，僅供參考

系統發生樹通常包含與樹的內部節點或分支相關的信息。例如，以下爬行動物的系統發育關系具有與其分支相關的引導值，并且在內部節點上具有較高的分類學等級名稱（例如，Amniotes，Archosaurs）。

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這些信息可以包含在Nexus和Newick純文本樹文件中。但是，這些格式不能區分應在內部節點上顯示的值和應與內部分支關聯的值。因此，當您將這些格式導入Geneious時，系統會要求您指定是將屬性視為分支支持值還是節點標簽。

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分配支持值給分支或節點的影響

正確地生根樹通常是創建或導入樹后的第一步，因為由于大多數樹推理方法的性質，根的初始位置通常是任意的。因為當樹被重新植入時，與內部節點和分支關聯的值的行為會有所不同，因此Geneious需要知道這些值是否為節點支持值或分支標簽才能將其正確放置在重新生成的樹上。

例如，考慮下面的靈長類樹。左邊的樹（a）已經任意植根于人類分支，而不是其他哺乳動物分支。注意人類和黑猩猩與其余分類群的分裂（分支）支持值為85％，盡管根的位置具有誤導性，但它代表了對人類和黑猩猩分支（Hominini）的支持。通過將引導支持值視為分支支持，當樹重新植根于右側樹（b）中的其他哺乳動物分支時，85％引導值正確地停留在將人和黑猩猩與其他分類群分離的分支上，現在位于Hominini節點旁邊。

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靈長類樹a）任意地在人類分支b）正確地與其他哺乳動物分支重新扎根。

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如果我們將引導程序支持視為與節點相關的值，則重新生成樹會將相關的引導程序值與錯誤的節點相關聯，如下面的樹中所示。在這種情況下，85％的bootstrap支持值出現在Great Apes節點上，給人的印象是它表示支持錯誤的分支（即Great Apes），而不是Hominini。

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由于與節點而不是分支相關聯，靈長類樹重新植根于其他哺乳動物分支，其引導值位于錯誤的地方。