使用Geneious快速定位基因魔剪CRISPR/cas的gRNA位點(diǎn)與脫靶結(jié)合位點(diǎn)[1]
基于機(jī)器學(xué)習(xí)，僅供參考。
介紹
CRISPR / Cas9系統(tǒng)是用于基因編輯的RNA引導(dǎo)核酸內(nèi)切酶技術(shù)。該系統(tǒng)需要包含與PAM（Protospacer Adjacent Motif）位點(diǎn)相鄰的20bp靶序列的指導(dǎo)RNA（gRNA），以將Cas9核酸內(nèi)切酶引導(dǎo)至切割位點(diǎn)。Geneious中的Find CRISPR位點(diǎn)工具將搜索所選基因中的gRNA（“CRISPR”）位點(diǎn)，并在您感興趣的基因組中搜索脫靶結(jié)合位點(diǎn)。選定序列中的每個(gè)CRISPR位點(diǎn)根據(jù)它可能會(huì)綁定到多少個(gè)脫離目標(biāo)位點(diǎn)以及脫離目標(biāo)位點(diǎn)與原始序列的相似程度進(jìn)行評(píng)分。
在本教程中，您將使用來(lái)自釀酒酵母?S288c?的LYP1 CDS?和使用S288c基因組作為脫靶數(shù)據(jù)庫(kù)。LYP1或賴(lài)氨酸通透酶在酵母基因組的14號(hào)染色體上發(fā)現(xiàn)。它是負(fù)責(zé)攝取陽(yáng)離子氨基酸的三種氨基酸通透酶之一（Alp1p，Can1p，Lyp1p）。有關(guān)此基因的更多信息，請(qǐng)點(diǎn)擊https://www.yeastgenome.org/。
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