Geneious軟件插件plugin可用列表
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Geneious可用插件列表
系統(tǒng)發(fā)育
- GARLI使用GARLI在大型數(shù)據(jù)集上構(gòu)建快速最大似然樹(shù)
- RAxML使用RAxML在大型數(shù)據(jù)集上構(gòu)建快速最大似然樹(shù)
- FastTree快速系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)構(gòu)建龐大的數(shù)據(jù)集
- 使用MrBayes的MrBayes貝葉斯系統(tǒng)發(fā)育分析
- PAUP *使用PAUP * 4.0進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育推斷
- 使用PhyML進(jìn)行分子進(jìn)化的PhyML系統(tǒng)發(fā)育推斷
- DualBrothers使用DualBrothers識(shí)別系統(tǒng)發(fā)育史中的重組事件
- 物種定界評(píng)估系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)中的假定物種
核苷酸分析
- 奧古斯都真菌基因預(yù)測(cè)與奧古斯都
- 補(bǔ)體/反向補(bǔ)體或逆轉(zhuǎn)DNA序列，不做兩者兼而有之
- CpG群島通過(guò)預(yù)測(cè)CpG島找到DNA甲基化的目標(biāo)
- CRT查找細(xì)菌和古細(xì)菌中的現(xiàn)有CRISPR位點(diǎn)
- EMBOSS Nucleotide預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子和蛋白質(zhì)編碼區(qū)
- FreeBayes單倍型基于FreeBayes的變種發(fā)現(xiàn)。
- 微光預(yù)測(cè)用Glimmer預(yù)測(cè)微生物DNA中的基因
- 雜合子通過(guò)二級(jí)峰調(diào)用識(shí)別色譜圖中的雜合子
- 微衛(wèi)星簡(jiǎn)化微衛(wèi)星基因分型
- Mutate和Shuffle自動(dòng)改變或隨機(jī)播放序列
- Phobos使用Phobos搜索串聯(lián)重復(fù)序列/微衛(wèi)星的基因組
- 多態(tài)性SSR使用Phobos在比對(duì)中找到多態(tài)性串聯(lián)重復(fù)序列
- 重復(fù)查找器查找大而遙遠(yuǎn)的重復(fù)
蛋白質(zhì)分析
- 卷曲線圈預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)卷曲螺旋區(qū)域
- EMBOSS蛋白預(yù)測(cè)二級(jí)結(jié)構(gòu)，抗原區(qū)和信號(hào)切割位點(diǎn)。
- EMBOSS工具
- InterProScan使用InterPro域自動(dòng)注釋蛋白質(zhì)
- PDB結(jié)構(gòu)AlignerPDB蛋白質(zhì)序列的結(jié)構(gòu)比對(duì)
- 跨膜預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的跨膜跨越區(qū)域
服務(wù)和搜索
- Biocode LIMS用于DNA條形碼的綜合實(shí)驗(yàn)室信息管理系統(tǒng)
- EuPathDB搜索和下載真核病原體基因
- 查找大文件夾列出本地?cái)?shù)據(jù)庫(kù)中所有文件夾的大小
- GenBank提交簡(jiǎn)化序列，基因組，特征，引物和痕跡的提交。
- 轉(zhuǎn)到文檔通過(guò)輸入唯一ID跳轉(zhuǎn)到文檔
- Groovy控制臺(tái)在Geneious中打開(kāi)終端窗口，以便使用Groovy語(yǔ)言編寫腳本
- 序列分類器根據(jù)您自己的已知序列數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)樣本進(jìn)行分類
對(duì)準(zhǔn)
- Clustal Omega使用Clustal家族的最新成員進(jìn)行多序列比對(duì)。
- LASTZ使用LASTZ對(duì)齊大型基因組
- MAFFT使用MAFFT快速準(zhǔn)確地進(jìn)行多序列比對(duì)
- Mauve使用Mauve對(duì)齊多個(gè)基因組以識(shí)別大規(guī)模進(jìn)化事件
- SeqPartitionerPartition等位基因來(lái)自多個(gè)比對(duì)的多重集合
部件
- BBDuk適配器/質(zhì)量修剪和過(guò)濾
- BBMap用于RNA和DNA的快速靈敏的對(duì)準(zhǔn)器
- Bowtie參考映射與Bowtie
- Cap3使用CAP3進(jìn)行重疊群裝配
- 重疊物分揀機(jī)
- FLASH使用FLASH合并配對(duì)測(cè)序讀數(shù)
- MIRA使用MIRA進(jìn)行高效準(zhǔn)確的序列組裝
- Tophat快速剪接連接映射用于RNA-Seq讀取TopHat
- 天鵝絨從頭與Velvet短讀的集合
